パズル＆ドラゴンズ
過去(イルム)
「完全なる魔導書」の創造を目的に様々な世界へ移動・侵攻。
その際、自身の複製としてイルミナを創造するが失敗作として放棄する。
過去(ズオー)
破壊を目的に様々な世界へ移動・侵攻。
その際、破壊した世界で生き残っていた娘を拾い、自身の血を与え「ロミア」と名付ける。
転界侵略
イルム、ズオーが転界へ顕現。
抵抗した転界の龍喚士達のうち、ツバキ、スミレ、カエデをズオーが捕縛、封印する。
さらに外敵を排除しようとしたカンナ、サツキをイルムが洗脳し手駒とする。
転界を侵略され、転界龍達は自身の領域守護以上の行動を制限されてしまう。
黒の章(はじまり)
継界の中心に顕現したイルム、ズオーはティフォン、ガディウスの故郷を滅ぼし、その地の天空をイルムが、地上をズオーが支配する。その際、抵抗したガディウスはイルムによって瀕死の重傷を負わされる。
弟を救うため、ティフォンはドルヴァと契約し一旦故郷を脱出。
龍契士となったティフォンはイルム、ズオーを倒し、弟を守るために再び悪魔の居城となった故郷を目指して旅に出る。
同じく、兄の力になりたい、そのために兄を超えたいと願ったガディウスはセディンと契約して龍契士となり、ティフォンを追いかけて旅に出る。
転界の龍喚士
故郷へ向かう道中、ティフォンは強い龍の力に引き寄せられ遊楽魔の館へ潜入しアーミルと戦闘。戦いに勝利し転界の龍喚士であるツバキ、スミレ、カエデの3人を解放する。イルム、ズオー達と戦うための力を求めたティフォンに3人は護印を結び転界の守護を授けた。
館の守護を任せていたアーミルの敗北を知り、ズオーは自身に刃向う龍契士の存在を知る。
その頃、兄を追いかけ館の跡地にやってきたガディウスは、イルムの魔導によって操られたカンナ、サツキと対峙。戦闘の末、2人にかけられていた洗脳術を解除する。
正気を取り戻した2人は転界術でガディウスとセディンの魂の結び付きを強め、力を与えた。
幻魔の動向
イルム、ズオーの侵略によって世界のバランスが崩壊していく中、海龍王であるヴォルスーンの領域にもズオーの手が伸び始める。
龍王によって育てられたリューネは自身の手に宿る龍爪の力に戸惑いながらも、ズオーから育ての親を守るため、戦いの場へと向かう。
また別の場所では、サリアがガイノウトの教え通り、幻魔を滅ぼすために龍契士として力を尽くそうとする。
そんなサリアを助けるため、デウス＝エクス＝マキナは古くから自身に仕える「機操士」三姉妹に幻魔配下の殲滅を命じた後、イルムとズオーを倒すために世界の中心へと向かった。
世界の中心に辿り着いたデウス＝エクス＝マキナはズオーとの戦闘を開始するが、圧倒的な力の前に敗北し、半壊状態となる。
その後、イルムはデウス＝エクス＝マキナの記録メモリからサリアの存在を知ると彼女の本体と核を回収。
友の窮地を感じ取り、ガイノウトの制止を振り切って救出へやってきたサリアへ「『完全なる魔導書』が完成すればその力でデウス＝エクス＝マキナを修復する事ができる」と取引を持ちかける。サリアは友を救うために協力を決断。イルムはデウス＝エクス＝マキナの心臓パーツである核以外の外装部分をサリアへと返した。
敵の居城で居場所のなかったサリアはイルミナの管理する書庫へと訪れる。
イルミナは彼女の存在を受け入れ滞在を許可した。
一方その頃、変革のない世界に飽いていたリンシアはイルムからの誘いに乗りシルヴィを置いて行方をくらませる。
風龍王の裏切りを知った他の龍王達に「風龍王を連れ戻せ」と命令を受けたシルヴィはイルムの拠点となっている天城へ向かった。
冥魔姉妹
アーミルを倒したティフォンの存在を脅威と感じたズオーは、スカーレットを送り込む。
魔力を充填したスカーレットと冥魔獣の攻撃により、次第に追い詰められていくティフォン。
しかし、とどめをさそうとするスカーレットの前に突如シャリテ＝マキナが出現。シャリテは主であるデウス＝エクス＝マキナの命令に従い、ティフォンと共にスカーレットを撃退する。
一方、ガディウスの事を「邪魔者」と判断したインディゴは、敬愛するイルムにとってその存在が脅威となる前に排除しようと立ちはだかる。
イルムから貰い受けた魔導書の力を使いこなすインディゴによって氷の牢に閉じ込められてしまったガディウスだが、そこへ突如ピュール＝マキナが出現。
ピュールは主であるデウス＝エクス＝マキナの命令に従い、氷の牢を溶かしてガディウスと共にインディゴを撃退する。
龍王の試練(ティフォン/ガディウス)
スカーレット戦後、ティフォンは力の強化を目的にシャリテの助言でヴォルスーンの元へ赴き、龍王の試練に挑む。
互いの存在を認め受け入れる事で魂の融合を完全なものとしたティフォンとドルヴァは「滅法の黒龍契士」へと契約の形を進化させ、試練に打ち勝つ。
同じ頃、ガディウスも力の強化を目的にガイノウトの元へ赴いた。
ガディウスはガイノウトと『悪魔側に付いたサリアを連れ戻すかわりに、契約の力を強化する』という約束を交わし、龍王の試練へ挑む。
より強い力を手に入れるため、己の魂の半分を龍に侵蝕させたガディウスは「忘我の赤龍契士」へと契約の形を進化させ、試練に打ち勝った。
獄幻魔との決戦
龍王の試練後、ティフォンは故郷の地へ辿り付き地上を支配していたズオーと対峙する。
ティフォンの力を認めたズオーは「獄幻魔」となり、熾烈な戦いを繰り広げる。
その頃、ガイノウトと交わした約束を果たすべくガディウスも故郷へと戻る。
しかし地上にサリアの姿はなく、ティフォンとズオーが決着を付けようとしていた。
兄を視界に入れた瞬間、ガディウスは心の隙を付いたセディンに意識を奪われ「兄を超える」という願いのまま暴走し戦いに乱入。
混戦の末３つの強大な力の衝突が次元を切裂き、ティフォン、ガディウス、ズオーはそれぞれ次元の狭間へと飲みこまれてしまった。
※パズドラクロス・TVアニメーション等の設定とは異なります。